Le départ à la retraite le 1^er juillet de Bruno Frappat, directeur délégué de La Croix, provoque quelques changements dans l'organisation du groupe. Son mandat de président du directoire de Bayard Presse arrivant à terme le 30 juin 2009, le conseil de surveillance de Bayard Presse a annoncé un nouveau directoire.

Le nouveau directoire entrera en fonction le 25 juin, à la suite de l'Assemblée générale ordinaire. Il sera composé de quatre responsables issus de l'entreprise. Georges Sanerot, aujourd'hui directeur général, sera nommé président du directoire. André Antoni sera reconduit dans son mandat de directeur général. Seront nommés directeurs généraux : Alain Augé, actuellement directeur financier et juridique, et Hubert Chicou, actuellement directeur général délégué en charge de la direction commerciale, des moyens de production et de la croissance externe, et directeur de Bayard Amérique (également membre du directoire et vice-président du conseil de surveillance de Milan).

Bruno Frappat a été désigné président d'honneur du groupe Bayard par le père Benoît Grière, représentant l'actionnaire principal. Il continuera par ailleurs de publier ses chroniques dans La Croix, son blog quotidien sur le site La-croix.com et sa chronique mensuelle dans Télérama. Dominique Bénard, un des trois directeurs généraux du directoire, part également à la retraite. Il sera nommé conseiller du président du directoire le 25 juin.