Dès lors, cet infatigable combattant ne cessera pas de lutter contre le négationnisme, la torture et les dictatures et deviendra « historien militant ». Il créera la revue éphémère Imprudence, avec Pierre Nora. Il dénoncera l’industrie du vide (les médias) et les nouveaux philosophes (Bernard Henri Lévy par exemple).

Ses ouvrages se divisent en trois grandes thématiques : le monde antique, et particulièrement hellénique (Mythe et tragédie dans la Grèce ancienne, La démocratie grecque vue d’ailleurs, La Grèce ancienne, La guerre la Grèce et la paix, L’Atlantide petite histoire d’un mythe platonicien…), le judaïsme et le révisionnisme (Flavius Josèphe et la guerre des Juifs, Les Juifs la mémoire et le présent, Réflexions sur le génocide, Les assassins de la mémoire, …) et ses textes engagés dans son époque (L’Affaire Audin, Journal de la commune étudiante, La torture dans la République …). Tour à tour édité par La découverte, Flammarion, Perrin, Arléa, c’est au Seuil qu’il publiera ses Mémoires (en deux tomes) au milieu des années 90.

L’historien est mort samedi 29 juillet à Nice, à l'âge de 76 ans, d’une attaque cérébrale.