Il succèdera à Hélène Orain, en poste depuis 2015. François Héran avait été nommé président du conseil d'orientation de l'établissement il y a un an.
A France Inter, il déclare : "C'est un lieu qui est à la fois un lieu de connaissance, et de réflexion sereine sur des questions qui, dans l'actualité brulante, sont souvent considérées de façon polémique et de façon un peu rapide." Selon la radio, il prendra ses fonctions début mars.
Agrégé d’histoire à l’ENS, docteur de l’EHESS et professeur à Sciences Po, diplômé de l’Université de Virginie (USA), le frère de la romancière Marie Ndiaye, Pap Ndiaye s’est illustré au fil des ans par son engagement à réhabiliter la place des Noirs dans l’histoire de France et la société, signant récemment un rapport pour encourager la diversité à l’Opéra de Paris . Pap Ndiaye est spécialiste d'histoire sociale des États-Unis, particulièrement des minorités. Il s'intéresse également aux situations minoritaires en France (histoire et sociologie des populations noires).
Il a publié quelques ouvrages sur ses domaines de prédilection : Du nylon et des bombes : Du Pont de Nemours, le marché et l’Etat américain (Belin, 2001), La condition noire : essai sur une minorité française (Gallimard, 2008), Prix Jean-Michel Gaillard, Les Noirs américains : en marche pour l’égalité (Gallimard, 2009), et Obama dans l’Amérique noire (Calmann-Lévy, 2012).
Il a également collaboré ) plusieurs livres, dont Le Modèle noir : de Géricault à Matisse (Flammarion, avec Louise Madinier), L’Amérique post-raciale ? (PUF, sous la direction de Pauline Peretz) ou encore Histoire de Chicago (Fayard, .avec Andrew Diamond).
Enfin, il intervient régulièrement dans les médias, notammen sur France Culture, dans Le Monde et Libération.
Le Palais de la Porte Dorée a attiré plus de 525000 visiteurs en 2019, année record, et a franchi le cap des 210000 visiteurs l'an dernier malgré la fermeture du lieu durant plusieurs mois à cause des mesures liées à la pandémie de Covid-19. La dernière exposition du lieu, "Christian Louboutin, l'exhibitionniste" a été l'une des vingt expositions les plus vues en France.