Jean-Jacques Lefrère est notamment l’auteur en 2001 de la biographie d’Arthur Rimbaud, parue chez Fayard, qui fait référence tant il est abondamment documenté et remet en question le mythe et certaines vérités sur le célèbre poète.
Toujours chez Fayard, il publie en 4 volumes, de 2007 à 2014, Sur Arthur Rimbaud : Correspondance posthume, des ouvrages qui rassemblent les lettres, documents et articles de journaux mentionnant Arthur Rimbaud de 1868 jusqu'en 1920, permettant de comprendre comment et par qui le mythe entourant le poète est né puis a été entretenu par ses premiers biographes, des membres de sa famille et des écrivains.
L’écrivain et scientifique a également consacré une partie de son œuvre à Lautréamont, dont il propose une première biographie en 1977 chez Pierre Horay sous le titre Le visage de Lautréamont : Isidore Ducasse à Tarbes et à Pau.
Jean-Jacques Lefrère écrit chacun de ses ouvrages après avoir réalisé un travail de recherches colossal en amont, toujours dans un souci de détail et de vérité, avec des documents visuels. Ses enquêtes de terrain l'ont mené jusqu'à Aden et Harare sur les traces de Rimbaud, jusqu’à Montevideo sur celles de Lautréamont.
La cérémonie religieuse des obsèques aura lieu le mercredi 22 avril à 10 heures en l'église Saint François-Xavier, à Paris VIIe.