Admis au Conservatoire national supérieur des Arts dramatiques, il a suivi les cours de Louis Jouvet et obtenu un premier grand rôle au cinéma dans Le Paradis des pilotes perdus de Georges Lampin (1948). Après un long séjour en Italie, aux côtés de Fellini et Visconti, il a obtenu le droit d'adapter en 1958 La Tête contre les murs, tiré du roman éponyme d'Hervé Bazin (Le livre de Poche, 1956). En 1963 sort sur les écrans Un drôle de paroissien adapté du roman Deo Gratias de Michel Servin et, sur les conseils de Raymond Queneau, La Cité de l'indicible peur (1964) tiré du roman éponyme de Jean Zay. En 1984, il signe son film le plus noir, A mort l'arbitre d'après le roman d'Alfred Draper. Il a aussi coécrit le scénario de La Bourse et la vie avec Marcel Aymé.
Jean-Pierre Mocky en librairie
Grande gueule au franc parler, nostalgique et colérique, se fâchant avec beaucoup de gens du métier, ses films ont eu moins de succès après les années 1990. Mais sa personnalité séduisait les médias et il avait un désir inlassable de raconter des histoires. Le cinéaste a d'ailleurs écrit de nombreux ouvrages sur le milieu du cinéma. En 2001, paraissent chez Denoël ses Memoires d'outre-tombe (indisponible) dans lequel il retrace 60 ans de souvenirs, sans censure, de son mariage à 14 ans à son métier de metteur en scène, où il fait tourner Bourvil, Michel Serrault, Fernandel, Jeanne Moreau et Catherine Deneuve, de ses triomphes à ses échecs, sans omettre le scandale des subventions détournées. Deux autres ouvrages sont indisponibles: Les vacances du pouvoir, un roman publié en 2007 chez Michalon, et Cette fois je flingue (Florent Massot, 2006), pamphlet contre les producteurs-distributeurs, les gaspilleurs et les tricheurs, l'avance sur recettes, les critiques, Cannes et les Césars, le cinéma d'art et d'essai, les casting .
En 2005, son Mister Flash: Gentleman Gangster (Flammarion) raconte les exploits d'Alexis, surnommé Flash en raison de sa précocité sexuelle et de son mental de sprinter. Le cinéaste a présenté les affiches de 65 films, parfois scandaleuses ou censurées, dans Mocky s'affiche chez Pirot en 2007. En 2009, il commence sa collaboration au Cherche-Midi avec Pensées, répliques et anecdotes, compilations de souvenirs insolites avec des stars. Chez l'éditeur, en 2015, il signe Je vais encore me faire des amis où il revient sur son parcours atypique et les grandes figures du cinéma qu'il a côtoyées puis partage ses indignations sur le fonctionnement du milieu cinématographique.
Inclassable et marginalisé, respecté pour son œuvre mais contraint de filmer avec des très petits budgets et sans distributeur, Jean-Pierre Mocky prenait sa revanche à chaque promotion de ses livres. Dans son dernier ouvrage, Mocky soit qui mal y pense publié en 2016, toujours au Cherche-Midi, l'auteur s'est penché sur les facettes sombres de sa vie. A la fois provocateur, écorché vif et altruiste, il livre les drames et les désillusions qui ont nourri son oeuvre...
Enfin, Laurent Beyayer et Philippe Sichler lui ont consacré une monographie sous forme de beau-livre illustré, Jean-Pierre Mocky: une vie de cinéma, que Néva éditions a publié en octobre 2018. Et Jacques Thorens a sorti en 2015 (Verticales) un document étonnant et intime sur le cinéma Le Brady, cinéma des damnés, que Mocky a exploité durant 17 ans.