"La bibliothèque est avant tout une salle de lecture et de travail pour les frères", explique François Rognon, responsable des archives et de la bibliothèque de la Grande Loge. Au fil du temps, elle "a évolué pour devenir plus généraliste" et accueille tous les étudiants, chercheurs ou parfois institutionnels amenés à se questionner "sur le sujet de la franc-maçonnerie ou qui a trait à l’ésotérisme", précise-t-il. En 2012, un important fonds d’environ 11000 livres est cédé à la bibliothèque par le frère, intellectuel et auteur d’ouvrages maçonniques Jean-Pierre Bayard–"qui a tout lu sur les francs-maçons des années 1950 à 2000", se souvient François Rognon–, faisant du lieu la deuxième plus grande bibliothèque ésotérique d’Europe.
Au sous-sol du bâtiment débute une nouvelle entrée dans les méandres de l’histoire avec un fonds d’archives et de documentation sur la quasi-totalité des loges administrées par la Grande Loge. Véritable plongée dans l’histoire de France, on y trouve notamment les "archives russes" qui regroupent les ouvrages maçonniques interdits par le gouvernement de Vichy, embarqués à Berlin en 1940. Elles sont appelées ainsi parce qu'elles ont ensuite été détenues par l’URSS, avant d’être restituées à l’obédience.
Un programme de numérisation est en cours pour la plupart des archives, comme le testament philosophique de Jules Vallès (1870-1872). Certaines sont déjà consultables en demande à la bibliothèque. Cette numérisation peut être une réponse à leur plus large diffusion et satisfaire les membres nouvellement entrés dans l’Ordre, et en moyenne plus jeunes. Elle intervient surtout comme un outil de conservation pour des documents fragilisés par la consultation pour lesquelles "le pire, ce sont les postillons", s’amuse le responsable des archives et de la bibliothèque.